Macに標準で搭載されている「プレビュー.app」は、いろいろな事ができるけれど、PDFの統合まで出来るとは思っていませんでした。操作は簡単です。目からウロコだったので、メモ。
統合したい複数PDFを開く
ここでは001.pdf、002.pdfというファイルを開いたと過程しています。ごらんのように、右側に2つのpdfファイルが開いていることを確認できます。
統合したいファイルをドラッグ＆ドロップ
一方のPDFファイルをもう一方のPDFファイルへドラッグ＆ドロップします。画面キャプチャーを撮ることが出来なかったのですが、緑の＋マークが表示されます。
追加すると、PDFファイルが本のような形になります。（既に複数ページ持ったPDFの場合は変化はないと思います。）
保存する
command+Sでファイルを保存するだけです。簡単ですね。